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种猪遗传改进的下一步 - PIC基因组定序

2016年 9月 9日 星期五

英国 - 2013年,PIC成为第一家为每头动物利用数万个基因型来提高年度遗传改进的养猪育种公司。

翻译:温鹏

PIC

 

这是一种新的选择方式,称为“基于关系的基因组选择”,这种方式可以利用我们保存的数百万谱系和性状记录,以及新的基因型相结合,以便空前快速地改进所有品系的所有性状。

我们的基因组计划只有通过巨大的数据库才能发挥效果,这种数据库里存有猪肉供应链所重视的那些单一的形状。除仔猪个体出生重之类单一性状外,在未来12个月当中,我们还会在170,000头全程需PIC母系和终端公猪商业谱系个体中收集增重、健壮度、大分切产量、以及肉质等性状。通过这项计划,我们会检测每头精英公猪,它们对全球PIC的遗传改进计划都有影响。

尽管我们认为这些计划已经在为我们的客户创造一个最佳精英种质的可持续的管道,但我们仍将在下一波的技术创新中进行再投资,让我们可以帮助客户拓展他们的竞争优势。

PIC基因组定序

家猪的基因组有大约30亿个碱基对,与人基因组规模相似。如今,在我们PIC的遗传改进计划当中已经捕捉到了一小部分的序列(大约80,000个位点)。通过这个平台,PIC核心场生产的每一头青年公猪及其母猪都要经过基因型鉴定。然而,当序列信息完全面世之后,我们甚至还能进一步提高遗传改进的速度。

进行中的人类基因定续工作实现了许多突破,让我们得以更好地理解疾病、制造新的、更好的疫苗、发现更多基因,以及治疗癌症,等等,这些只是一小部分应用。一方面,这些东西让动物也能间接地、平行地受益,而另一方面,这个领域的大量工作也提高了定序技术的品质,并且显著降低了定序的成本。如今,尽管实践中还无法做到对种猪供应链中的所有PIC新生动物进行定序,但我们正在大力投资,以便更好地理解和利用这一技术。

2015年11月,我们参加了与Roslin研究所的合作,以便对超过14,000头的PIC动物进行完全定序。这些动物代表了PIC基因库当中的所有终端品系和母系及其对应的重要经济性状数据,这将推动今天的遗传改进计划。

我们认为这个项目有无限的可能性。至少,通过拥有掌握任意动物的全部基因组序列信息的可能性,我们将能够进一步提高基于关系的基因组选择的精度。其它可能性包括寻找抗病基因,解决困扰我们行业的那些疾病问题。我们还将利用这些发现进一步理解表型遗传学的新领域,并且为PIC的商业产品实现特定基因型的组合能力的最大化。在这个几百万美元的项目当中,通过重新投资于遗传改进的未来,我们认为我们将为我们PIC的客户实现前所未有的快速的遗传改进。

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